申办眼科诊所办理营业执照的流程包括以下步骤：

确定公司名称、注册地址、注册资金、业务范围等基本信息。

准备相关材料，如《企业名称预先核准通知书》、场地证明、法人代表身份证、申请表等，向工商部门申请注册。

提交申请材料，并按照要求提交相关证明文件，如医疗机构许可证、营业执照等。

等待工商部门审核，审核通过后领取营业执照。