口腔诊所备案制的办理流程一般包括以下步骤：

准备好相关材料，如《设置医疗机构申请书》、《可行性分析报告》、医疗机构用房产权证明或者使用证明、符合市卫生要求和划定医疗区范围的平面图、法定代表人或者主要负责人的身份证等相关证件。

将相关材料上报卫生行政部门，提交所有申办人提供的材料，并领取《设置医疗机构批准书》。

卫生行政部门会进行现场验收，评估是否符合要求。

验收合格后，申办人取得《设置医疗机构批准书》满一年仍未开工建设或者未经批准并开工建设又停工的，再次申请设置医疗机构的，应当就上次审查发现的问题作出解释或者重新办理。