眼科诊所备案制流程包括以下步骤：

准备相关材料，包括诊所的名称、地址、经营范围、人员情况等。

向当地的卫生行政部门提交申请，并按照要求提供相关材料。

卫生行政部门会对申请进行审核，如果审核通过，会发放《设置医疗机构批准书》。

完成场地租赁、装修、设备采购、人员配备等工作，确保符合卫生部门的相关规定和标准。

准备完整的备案材料，包括诊所的机构设置、设备情况、药品库存等，报卫生行政部门进行备案。

卫生行政部门审核备案材料，如果符合要求，会发放《医疗机构备案回执》，否则会提出整改意见。