眼科诊所备案制办理流程一般包括以下步骤：

准备相关材料，包括医疗机构设置规划、布局和相关标准、医师和护士资格证明、诊疗科目和业务范围、必要的医疗设备和技术证明、相应的资金和财务管理制度等。

向当地卫生行政部门或相关部门提交申请，并按照要求缴纳相关费用。

等待卫生行政部门或相关部门的审核和批准。

获得批准后，按照规定进行公示，并领取备案成功的证明。